自主招生和綜合評價招生都為考生提供了多一次上大學機會，在選拔方式上，都需要參加學校組織測試，包括筆試或者面試。報名方式上，都需要在高考統一報名之后，再另外專門報名。在錄取上，綜合評價及自主招生在獨立批次或提前批次未被錄取情況下，都不會影響考生其他批次錄取。
除了這些相同的地方之外，兩種招生方式，還有很大區別需要注意。
招生區域
2018年具有自主招生資格的高校90所，其中77所院校面向全國招生，13所院校針對本省市招生。綜合評價選拔招生實施區域近年來有擴大趨勢，但是目前只有清華、北大等個別院校在全國范圍進行招生；高校實施綜合評價招生多以省份劃分，大部分高校只針對本地區或多個省市進行招生。由于各個省市情況不一，目前尚無明確的具有綜合評價招生資格高校的名單和數目，考生可通過查閱目標院校招生簡章來了解相關信息。以下是2018年部分高校實施綜合評價招生的省份。
報名條件
關于自主招生報名條件，各學校無不重注學生的“學科特長”和“創新潛質”，因此更加傾向所謂的偏才怪才，即在各類比賽及競賽中獲得獎勵的考生，在科技發明、研究實踐創新方面有突出表現并獲得獎勵的考生。
如清華大學自主招生報名申請條件要求：
具有各類特長及創新潛質的優秀高中畢業生均可申請。申請學生應至少具備以下方面特質之一，并提供相關證明材料：
1.研究創作方面：在科技發明、研究實踐、文學創作等方面具有突出表現的學生。
2.突出才能方面：在人文與社會、創新與設計等方面具有突出才能或在相關學習實踐中取得優異成績的學生。
3.學科奧賽方面：在數學、物理、化學、生物、信息學等學科具有學科特長，且在學科奧林匹克競賽中表現突出的學生。
關于綜合評價招生報名條件，更傾向于綜合素質更全面、學科成績優秀的學生，而對獎項沒有嚴格限制。
如清華大學2018年領軍人才選拔，對于招生對象的申請條件要求：
志向遠大、追求卓越、品學兼優、素質全面，一貫優秀并具創新潛質的普通高中畢業生均可申請，綜合學業成績應在全年級前列。意味著考生只要學習成績優異、綜合素質良好即可申請參加綜合評價選拔招生。
優惠政策
除了招生區域、報名條件的差別，自主招生和綜合評價最大的區別在于，自主招生優秀學生可以直接獲得相應的降分，特別優秀的考生，甚至可獲得降至一本線的錄取優惠，以及一本線下破格錄取。
而參加綜合評價招生，高校會將考生的高考成績和高校測試成績、高中綜合素質評價按照比例進行疊加換算，得出最后的成績，按照錄取規則，擇優錄取。
目前清華“領軍人才”和北大“博雅計劃”綜合評價招生仍實行降分錄取的優惠政策，從兩所學校的錄取情況看，自主招生在錄取優惠幅度方面要大于綜合評價選拔招生。
2018年清華大學在北京自主招生錄取42人，其中獲得降至一本線錄取優惠的考生13人，占清華大學在北京自招錄取人數的30.95%。此外，獲得模擬投檔線降40分以上錄取優惠的考生共28人，占比達到66.7%；在綜合評價錄取方面，清華大學2018年在京錄取51人，降至一本線錄取的人數為0，而獲得模擬投檔線降10分錄取的考生共22人，占比為43.14%，獲得模擬投檔線降30分以下錄取優惠的考生共48人，占比達到了94.12%。
2018年北京大學在北京自主招生共錄取考生33人，獲得降至一本線錄取優惠的考生8人，占北京大學在北京自招錄取人數的24.24%，獲得模擬投檔線降40分以上錄取優惠的考生共22人，占比達到66.7%；綜合評價錄取方面，北京大學2018年在京錄取70人，獲得降至一本線錄取的考生僅為2人，而獲得模擬投檔線降10分錄取的考生為27人，占比為38.57%，獲得模擬投檔線降30分以下錄取優惠的考生共61人，占比達87.14%。
選拔流程
自主招生和綜合評價招生選拔流程相似?；景▽W生網上報名、學校初審、學校初試、學校復試、認定公示等環節。
兩種招生類型各個環節時間基本一致，自主招生啟動略早于綜合評價招生。自主招生一般3月份高校集中發布招生簡章，考生開始報名；4月高校審核考生材料，并在4月底前公示初審名單；高考結束后6月中旬左右進行學校測試，6月下旬公布入選資格考生名單；志愿填報及錄取時間以當地省級招生考試機構規定為準。
綜合評價招生一般在3月末至4月發布招生簡章；4月-5月綜合評價網上報名；5月底前后公布綜合評價初審結果；高考結束后6月中旬左右進行學校測試，6月下旬公布認定結果；志愿填報及錄取時間以當地省級招生考試機構規定為準。
考核流程
參加自主招生的考生，在高考結束后要參加各高校組織的測試，測試包括初試和復試，初試一般為筆試，復試一般為面試。通過組織筆試篩選進入面試的名單，部分學校則沒有筆試，直接進入面試。最后根據測試結果，給予不同考生相應的降分政策；
參加綜合評價招生的考生，在高考結束后，學校通過自己劃定的面試分數線確定入圍面試名單。最后根據測試結果，折合各項成績（高考成績、面試、學業水平考試）篩選出最終人選。
雖然自主招生和綜合評價招生可以兼報，但高校測試時間往往會有重合，報考不同院校的此兩種類型招生也要注意各院校測試時間規定，根據實際情況報考。
總之，無論參加綜合評價招生還是自主招生，考生和家長都要仔細閱讀學校的招生簡章，其中公布的報名條件及方法、招生計劃、選拔程序、考核辦法、優惠政策是報考的重要參考。